Βρίσκεται στην περιοχή του Ακρωτηρίου, σ’ ένα τοπίο κατάφυτο από ελαιώνες, αμπέλια και κυπαρίσσια και αρχιτεκτονικά αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα δείγματα της Κρητικής Αναγέννησης. Σύμφωνα με την παράδοση ιδρύθηκε από τους αδερφούς Ιερεμία και Λαυρέντιο της παλιάς Βενετσιάνικης οικογένειας των Τζαγκαρόλων, που ήταν μοναχοί στο κοντινό μοναστήρι Γουβερνέτο.
Για το κτίσιμο της καινούριας μονής αφιέρωσαν μεγάλες εκτάσεις οι κτηματίες του Ακρωτηρίου, ο δε Ιερεμίας ταξίδεψε στο Άγιο Όρος για να αντιγράψει τα σχέδια για το χτίσιμο της Μονής.
Στην επανάσταση του 1821 οι Τούρκοι την έκαψαν και ερημώθηκε για μερικά χρόνια, οπότε και χάθηκαν τα έγγραφα του Αρχείου της. Στη συνέχεια όμως, το 1830, ανακαινίστηκε. Το 1892 ιδρύθηκε εδώ το Ιεροδιδασκαλείο για την εκπαίδευση φημισμένων Ιερέων και διδασκάλων, το οποίο μετεξελίχτηκε σε Ιερατική Σχολή το 1930.
Η Μονή Αγίας Τριάδας είναι ίσως το πιο εντυπωσιακό μοναστηριακό συγκρότημα του τέλους της Βενετοκρατίας στην Κρήτη, εξαιτίας τόσο του μεγέθους όσο και της αρχιτεκτονικής μορφής της. Συνδυάζει στοιχεία της Ορθόδοξης μοναστηριακής πρακτικής με δυτικές αρχιτεκτονικές μορφές και έτσι εκφράζεται το πνεύμα της σύγκλισης ανάμεσα στα δύο δόγματα στο χώρο της Κρήτης.
Το συγκρότημα, που είναι φρουριακού τύπου, σχηματίζει ένα μεγάλο τετράπλευρο με το εντυπωσιακό Καθολικό στο κέντρο και δύο μικρά παρεκκλήσια, όπως συνηθίζεται στα ορθόδοξα μοναστήρια. Η αυστηρή συμμετρία και η χρήση μορφών από την κλασική αρχαιότητα είναι τα κυρίαρχα στοιχεία που το χαρακτηρίζουν.
Στο μικρό μουσείο έχουν εκτεθεί τα λίγα σχετικά κειμήλια που διασώθηκαν από τις διαρκείς ιστορικές περιπέτειες της. Είναι κυρίως εικόνες, άμφια, ιερά σκεύη, λίγα χειρόγραφα, παλαίτυπα βιβλία, επίσημα έγγραφα.